Файловая система NTFS обеспечивает такое сочетание производительности, надежности и эффективности, которое невозможно получить с помощью FAT. Основными целями разработки NTFS являлись обеспечение скоростного выполнения стандартных операций над файлами, таких как чтение, запись, поиск, и предоставления дополнительных возможностей, включая восстановление поврежденной файловой системы на чрезвычайно больших дисках.

NTFS обладает характеристиками защищенности, поддерживая контроль доступа к данным и привилегии владельца, играющие исключительно важную роль в обеспечении целостности важных данных. Папки и файлы NTFS могут иметь назначенные им права доступа вне зависимости от того, являютя ли они разделяемыми или нет.

NTFS - единственная файловая система в Windows, которая позволяет назначать права доступа к различным файлам. Устанавливая пользователям определенные разрешения для файлов и каталогов, пользователь может защищать конфиденциальную информацию от несанкционированного доступа. Разрешения пользователя на доступ к объектам файловой системы работают по принципу дополнения. Это значит, что действующие разрешения, то есть те разрешения, которые пользователь реально имеет в отношении конкретного каталога или файла, образуются из всех прямых или косвенных разрешений, назначенных пользователю для данного объекта с помощью логической функции "Или". Например, если пользователь имеет право назначить разрешение для каталога на чтение, а косвенно через членство в группах ему дано право на запись, то в результате пользователь сможет читать информацию в файлах каталога и записывать в них данные.

Файловая система NTFS
http://www.ixbt.com/storage/ntfs.html

Защита данных в NTFS
http://sitefree.ru/modules/myarticles/article.php?storyid=183

Быстродействие FAT и NTFS
http://www.inet-press.com/lib/2005/01/art47.htm